Το Σμάρι διαθέτει χωριστικό αποχετευτικό δίκτυο και η διάθεση των λυμάτων του γίνεται σε ρέμα της περιοχής, συνιστώντας σοβαρή απειλή για το περιβάλλον και τη δημόσια υγεία. Για το σκοπό αυτό υποβλήθηκε πρόταση για χρηματοδότηση σχετικού έργου υποδομής και προστασίας του περιβάλλοντος.
Με το υπ’ αριθμόν 2708/10-08-2011 έγγραφο της Ενδιάμεσης Διαχειριστικής Αρχής της Περιφέρειας Κρήτης, αποφασίστηκε η ένταξη του έργου «Βιολογικός Καθαρισμός και Κεντρικός Αγωγός Λυμάτων οικισμού Σμαρίου Δήμου Μινώα Πεδιάδας» στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Κρήτης και Νήσων Αιγαίου 2007-2013». Ο προϋπολογισμός του έργου που συγχρηματοδοτείται από το Ευρωπαϊκό Ταμείο Περιφερειακής Ανάπτυξης (ΕΤΠΑ), ανέρχεται στα € 591.630,00, ενώ ο πληθυσμός σχεδιασμού της μελέτης του έργου είναι 800 ισοδύναμοι κάτοικοι.
Το έργο αυτό αφορά την προμήθεια και εγκατάσταση ενός προκατασκευασμένου συστήματος επεξεργασίας λυμάτων για οικισμό Σμαρίου. Η μονάδα περιλαμβάνει τα παρακάτω επιμέρους τμήματα:
